JPK_MAG dotyczy przede wszystkim przedsiębiorców, którzy prowadzą gospodarkę magazynową w postaci elektronicznej. Strukturę tą wprowadza się celu weryfikacji przekazywania towarów oraz materiałów, które mieszczą się w magazynie. Osoby, które prowadzą tylko papierową ewidencję gospodarki magazynowej aktualnie nie są zobowiązane do sporządzania i wysyłania JPK_MAG. Do złożenia tego pliku zobowiązani będą też przedsiębiorcy, którzy według przepisów nie prowadzą magazynu jednak wykonują to w formie elektronicznej.

JPK_MAG powinien zawierać dane, które dotyczą materiałów, produktów i półproduktów oraz dokumentów księgowych takich jak rozchód wewnętrzny, przesunięcie między magazynowe, przyjęcie z zewnątrz oraz wydanie na zewnątrz.

Plik JPK_MAG tworzy się w programie księgowym bądź programie sprzedażowo-magazynowym posiadającym określone funkcje.